Výzkum

Výzkumné oblasti:

• biologie nekódujících RNA (mikroRNA, PIWI-interagující RNA, dlouhé nekódující RNA atd.) a jejich úloha v karcinogenezi
• zapojení nekódujících RNA do patogeneze solidních nádorů a identifikace nových terapeutických cílů
• využití nekódujících RNA v diagnostice a personalizaci léčby solidních nádorů

Naše skupina je zaměřena na studium nekódujících RNA u solidních nádorů. Nekódující RNA studujeme pomocí komplexních vysokokapacitních analýz, zejména pomocí sekvenování nové generace (Illumina, RNAseq, small RNAseq), s cílem identifikovat v nádorové tkáni či tělních tekutinách nové biomarkery využitelné v předpovědi rizika, diagnostice, prognostikaci a predikci léčebné odpovědi u pacientů s nádorovým onemocněním. V této oblasti vytváříme související duševní vlastnictví (patenty, užitné vzory) a usilujeme o jeho transfer do klinické praxe.

Navrhujeme a koordinujeme multicentrické prospektivní studie, ve kterých ověřujeme biomarkery identifikovány v retrospektivních studiích a spolupracujeme na vývoji diagnostických nástrojů pro individualizaci léčby pacientů se solidními tumory (zaměřujeme se na gastrointestinální nádory, urologické nádory a nádory mozku).

Intenzivně spolupracujeme se sítí 8 komplexních onkologických center v České republice (Brno, 2x Praha, Olomouc, Ostrava, Plzeň, Hradec Králové, Zlín). Tato kolaborace nám umožňuje přístup k velkému množství biologického materiálu a klinických dat pacientů, která jsou nezbytná pro rozsáhlé biomarkerové studie.

Spolupracujeme také s průmyslnými partnery, se kterými společně vyvíjíme certifikované CE IVD diagnostické sady pro časnou neinvazivní detekci kolorektálního karcinomu (cirkulující miRNA a piRNA) a pro předpověď léčebné odpovědi na cílenou terapií anti-EGFR u metastatického kolorektálního karcinomu s nemutovaným onkogenem KRAS/NRAS (tkáňové miRNA).

Studujeme klinicky relevantní nekódující RNA na buněčných modelech jako potenciální terapeutické cíle (hlavně u glioblastomu, karcinomu pankreatu a kolorektálního karcinom) s cílem popsat molekulární mechanismus zodpovědný za patogenní funkci těchto nekódujících RNA.

V našem výzkumu používáme široké spektrum technik in vitro (včetně CRISPR/Cas9) a v současnosti disponujeme víc než 80 stabilními nádorovými liniemi a derivovali jsme již více než 100 primárních linií z individuálních nádorových vzorků karcinomu pankreatu, ledviny, kolorektálního karcinomu a glioblastomu.

Pro validaci terapeutických cílů in vivo využíváme xenograftové modely a experimenty typu knock-in/knock-out. Věnujeme se také farmakologickým studiím hodnotícím inovativní terapii na bázi RNA oligonukleotidů a polymerních doručovacích systémů.

Mezinárodní spolupráce:

Prof. George Calin, MD, PhD, Anderson Cancer Center, TX, USA;

Prof. Vince Fischetti, PhD, Rockfeller University, NY, USA;

Prof. Massimo Negrini, MD, PhD, University of Ferrara, Ferrara, Itálie;

Markus Kretz, PhD, University of Regensburg, Regensburg, Německo;

Prof. Klaus Jung, MD, PhD, Charite University Berlin, Německo.